Первые судебно-экспертные учреждения Министерства юстиции Российской империи образованы в начале XX века. 28 июня 1912 года Государственным Советом и Государственной Думой Российской империи одобрен закон об учреждении кабинета научно-судебной экспертизы в г. Санкт-Петербурге, 4 июля 1913 года одобрен закон об учреждении кабинетов научно-судебной экспертизы в городах Москве, Киеве и Одессе.

В дни Февральской революции 1917 года был уничтожен Петроградский кабинет, он сгорел при пожаре здания суда, где размещался со дня создания, перестал действовать Московский кабинет, Киевский и Одесский кабинеты работали лишь благодаря энтузиазму их сотрудников.

До 1929 года в Советском Союзе судебно-экспертных криминалистических учреждений органов юстиции не существовало, кроме украинских институтов.

Постановлением СНК Белорусской ССР при НКЮ Республики 16 августа 1929 года в Минске был образован институт научно-судебной экспертизы, в котором действовали секции судебно-фотографических исследований и идентификации, физико-химических исследований, судебно-медицинских и биологических исследований, а также был организован научно-показательный музей.

Создание экспертных учреждений в Советском Союзе было обусловлено требованиями судов и следственных органов в необходимости объективного исследования вещественных доказательств по уголовным и гражданским делам. В отличие от Украины и Белоруссии Российская Федерация до Великой Отечественной войны не имела в системе органов юстиции экспертных криминалистических учреждений, хотя вопрос об их создании неоднократно ставился учеными-криминалистами, судами и следственными органами.

К концу 20-х годов в РСФСР имелась разветвленная сеть научно-технических подразделений милиции, в основном удовлетворявших потребности судебно-следственной практики в производстве криминалистических экспертиз. Начиная с 1930 года стали создаваться криминалистические лаборатории юридических вузов — по замыслу, как специальные криминалистические «полигоны» для студентов, которые на практике выполняли задания органов следствия и судов.

В 1948 году было создано первое межобластное экспертное учреждение Министерства юстиции России — Ленинградская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория, в настоящее время это — ФБУ Северо-Западный региональный центр судебной экспертизы Минюста России.

В соответствии с распоряжением Совета министров СССР от 30 декабря 1950 года                                           № 21272-р были образованы научно-исследовательские криминалистические лаборатории судебной экспертизы в Казани, Ростове-на-Дону, Саратове, Свердловске, Новосибирске и Хабаровске. Штатная численность научно-исследовательских криминалистических лабораторий составляла 5-6 человек, техническое оснащение на момент их образования позволяло выполнять почерковедческие, технико-криминалистические исследования документов и некоторые трасологические экспертизы.

На базе Центральной криминалистической лаборатории и Московской лаборатории судебной экспертизы 1 октября 1962 года был создан Центральный научно-исследовательский институт судебных экспертиз при Юридической комиссии Совета министров РСФСР, в настоящее время это — ФБУ Российский федеральный центр судебной экспертизы при Минюсте России.

История федерального бюджетного учреждения Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации начинается с июня 1958 года, когда по заданию министра юстиции РСФСР Болдырева Ю.А. в Краснодар был направлен заведующий Ростовской научно-исследовательской криминалистической лабораторией судебной экспертизы Мигалов М.Г. для подбора кадров и организации в Краснодаре группы Ростовской научно-исследовательской криминалистической лаборатории судебной экспертизы. Штатная численность группы в то время составляла 5 человек: руководитель группы Громадский А.В., он же и Третьяков В.Л. эксперты автотехники, эксперт-химик Иванова Л.Г., эксперт-почерковед Листратенко В.А., эксперт-трасолог Сидоренко Б.В., в ноябре 1960 года в штат группы была принята эксперт-почерковед Ляпишева Л.С.

Краснодарская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы, как самостоятельное экспертное учреждение, была образована в 1961 году в соответствии с приказом Министерства юстиции РСФСР № 838 от 24 октября 1961 года для производства криминалистических, автотехнических и других судебных экспертиз по заданиям органов милиции, прокуратуры и судов. На начальном этапе деятельности проводились только почерковедческие, автотехнические, трасологические, физико-химические экспертизы и технико-криминалистические исследования документов.

С июля 1963 года по 1969 год Краснодарская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы находилась в подчинении Юридической комиссии при Совете Министров РСФСР.  В 1969 году Краснодарская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы юридической комиссии при Совете Министров РСФСР была переименована в Краснодарскую научно-исследовательскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР.

К 1977 году в системе юстиции действовало более 60 научно-исследовательских лабораторий судебной экспертизы, которыми проводилась большая экспертная, научная и методическая работа. Особое внимание в работе уделялось качеству проводимых исследований, научно-исследовательской работы, внедрению в экспертную практику новейших достижений науки и техники, а также обучению и повышению квалификации экспертов.

С появлением новых видов судебных экспертиз увеличилась и штатная численность экспертов Краснодарской научно-исследовательская криминалистической лаборатории судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР, в Сочи, Майкопе и Анапе были образованы филиалы.

В 1977 году Краснодарская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР была переименована в Краснодарскую научно-исследовательскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР.

В 1982 году для Краснодарской научно-исследовательской лаборатории судебной экспертизы Министерства юстиции РСФСР было начато строительство здания, в котором и в настоящее время размещается ФБУ Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Минюста России. В ноябре 1991 года строительство здания было завершено, ввод в здания в эксплуатацию позволило разместить в специализированных помещениях необходимое экспертам для проведения исследований современное криминалистическое оборудование и организовать производство новых видов судебных экспертиз.

В 1995 году Краснодарская научно-исследовательская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации переименована в Краснодарскую лабораторию судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации.

В 2002 году наименование Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации было изменено на государственное учреждение Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации.

В 2010 году по решению Министерства юстиции Российской Федерации наименование государственное учреждение Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации было изменено на федеральное бюджетное учреждение Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации.

На протяжении всего времени с момента образования и по настоящее время большую помощь в развитии деятельности ФБУ Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Минюста России оказывает Ростовская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория судебной экспертизы, ныне это — ФБУ Южный региональный центр судебной экспертизы Минюста России, являющееся одним из самых крупных и авторитетных судебно-экспертных учреждений не только Южного и Северо-Кавказского федеральных округов, но и Российской Федерации. Неоценимый личный вклад в развитие ФБУ Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Минюста России внесла кандидат юридических наук — Жакова Т.М., являющаяся одним из ведущих экспертов в области судебной почерковедческой экспертизы, проработавшая в системе судебно-экспертных учреждений Минюста России более 30 лет, в том числе и в должности начальника ФБУ Южный региональный центр судебной экспертизы Минюста России.

Более чем полвека эксперты ФБУ Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Минюста России стоят на страже интересов закона, выполняя экспертизы на высоком профессиональном уровне, сохраняя при этом объективность, постоянно совершенствуя и расширяя свои специальные познания.

За долгие годы кропотливой экспертной работы, благодаря действующей системе дополнительного образования экспертов судебно-экспертных учреждений Минюста России, сформировался высокопрофессиональный и квалифицированный коллектив экспертов, большинство из которых имеют многолетним опыт экспертной работы. Многие эксперты федерального бюджетного учреждения Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации награждены государственными ведомственными наградами Минюста России и наградами Краснодарского края.

Из небольшого экспертного подразделения штатной численностью до 6 экспертов, размещенных в неприспособленных для экспертной деятельности помещениях, федеральное бюджетное учреждение Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации превратилось в одно из ведущих и независимых государственных судебно-экспертных учреждений юга России, организационная структура которого состоит из 7 экспертных отделов, Сочинского и Новороссийского филиалов. Все рабочие места экспертов оснащены современным оборудованием, программным обеспечением и оргтехникой, необходимыми им для решения экспертных задач любой сложности и на самом высоком научном и техническом уровне.

В настоящее время современная материально-техническая база федерального бюджетного учреждения Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации, штатная численность и квалификация экспертов позволяет выполнять более двадцати видов судебных экспертиз в сроки от 5 до 30 дней. И только в случаях необходимости проведения экспертных осмотров объектов исследования, предоставления экспертам дополнительных материалов, а также многообъектности исследований, множественности поставленных перед экспертами вопросов, судебные экспертизы выполняются в сроки более 30 дней по согласованию с инициаторами назначения таких экспертиз.

В федеральном бюджетном учреждении Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации всегда уделялось и уделяется особое внимание научно-исследовательской деятельности и повышению квалификации экспертов. Эксперты обучаются в аспирантуре и магистратуре, участвуют в научно-практических семинарах, школах и конференциях, постоянно повышают свой профессиональный уровень на рабочем месте, все эксперты в обязательном порядке проходят стажировки и рецензирование заключений в других ведущих судебно-экспертных учреждениях Минюста России.

В коллективе федерального бюджетного учреждения Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации бережно сохраняются лучшие сложившие с первых дней образования традиции, взаимоуважение, взаимопонимание, отсутствие в коллективе нездоровой конкуренции, готовность каждого поделится опытом с коллегами, добрые личные и служебные отношения с экспертами других судебно-экспертных учреждений Минюста России.

Коллектив ФБУ Краснодарская ЛСЭ Минюста России относится с глубоким уважением к ветеранам труда, приглашает их на встречи с молодыми экспертами и на торжественные вечера, свято хранит память о ветеранах, ушедших из жизни.

Так сегодня живет и трудится сплоченный и талантливый коллектив федерального бюджетного учреждения Краснодарская лаборатория судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации – наша большая семья, наш дом с неповторимой судьбой, замечательными традициями и делами, которыми можно гордиться.